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你好

我致力于研究大语言模型、强化学习与多模态科学基础模型。

我是加州大学尔湾分校计算机科学博士生。我的研究涵盖大语言模型、强化学习、多模态学习与基因组基础模型,重点关注可靠评测与科学应用。

我乐于在方法与系统之间往返:设计学习目标、构建分布式训练和评测基础设施,并将研究问题转化为可复现的基准。在进入 UCI 之前,我于伊利诺伊大学厄巴纳—香槟分校获得计算机工程硕士学位,并于上海交通大学密西根学院获得电子与计算机工程学士学位,辅修数据科学。

大语言模型 + 强化学习 基因组人工智能 知识蒸馏 多模态推理 人工智能评测
更广泛的技术兴趣

我早期的工作与持续关注的方向还包括:生物信息学、分子优化、泛基因组、蛋白质与单细胞基础模型、生物医学通俗摘要、分词与位置编码、归一化、图神经网络、扩散模型、计算机视觉、分布式机器学习和计算机体系结构。

最新进展

动态

近期研究、成果发布与重要节点。

  1. 加入 Pandita AI(diagram.ai)

    担任大语言模型研究科学家实习生,研究科学图示的可验证评测与后训练。

  2. MUGO 被 KDD 2026 接收

    面向非编码基因组致病变异发现的可微组合优化方法。

  3. A Very Big Video Reasoning Suite 被 ICML 2026 接收

    面向长时程视频推理的大规模程序化生成任务套件。

  4. Team XSZ 被 ACL 2025 BioNLP Workshop 接收

    我们在 BioLaySumm 2025 共享任务中的口头报告论文,将分章节检索、大语言模型生成与强化学习结合用于生物医学通俗摘要。

  5. ACM BCB 2024 · ACM SIGBio 最佳论文奖

    该工作发表于第 15 届 ACM 生物信息学、计算生物学与健康信息学会议(ACM BCB 2024),并获 ACM SIGBio 最佳论文奖;研究 L2 归一化与测地距离在高维单细胞可视化中的作用。

当前工作

研究

以下为部分在研项目。尚未公开的工作仅作概括性介绍。

审稿中 · Science Advances

OmegaGenome

从大型基因组语言模型迈向更优的百万参数以下专家模型。

我主导该项目,将基因组基础模型蒸馏为可部署的任务专家模型。研究涵盖端到端训练、受控评测与效率分析,任务包括分类及碱基分辨率序列预测。

  • 跨多种基因组教师架构的知识蒸馏
  • 18 项分类任务及碱基分辨率多轨回归
  • 可复现的训练、基准评测与系统效率分析流程
项目概念示意;审稿期间暂不展示定量结果。

DNAThinker

一个以推理为基础的多模态基础模型,用于细胞类型条件下的 DNA 生成、编辑与配对预测。我负责模型、数据与评测工作。

研究进行中

面向长时程智能体的同策略蒸馏

研究多轮智能体轨迹中的稳定知识迁移,并以 FSDP、vLLM、Ray 和 SLURM 构建的多 GPU 训练与评测基础设施为支撑。

diagram.ai 在研 · 强化学习后训练

DSV:面向科学图示的可验证奖励

开发科学图示语义验证器,并将其结构化反馈作为强化学习后训练与迭代修正的奖励信号。

研究进行中

可扩展的形状感知蒸馏

在自然语言处理与单细胞模型上开展受控的跨领域研究,设置多随机种子基线、阴性对照与可复现的集群规模实验。

技术报告 · 2023

Pipe-Déjàvu

通过硬件感知且延迟可预测的可微搜索,加速分布式机器学习流水线并行的配置与收敛。

公开预印本

MIRACLE

以可解释多任务学习识别多种自身免疫疾病共有的表观遗传调控,并在分析中显式融入位点—基因—通路结构。

公开任务提案

AgenticVBench · 游戏理解

我设计了两项长时程视频理解任务提案:SuperTuxKart 的比赛遥测重建与 Minecraft 的行动日志重建。两项任务均将带随机种子的生成器与机器精确真值、确定性评分器及反捷径校准相结合。

方法实验室

从目标函数到轨迹采样:理解蒸馏

探索源自论文手稿的 OmegaGenome 损失函数结构,以及多轮智能体的既有同策略课程设计。尚未公开的结果在此省略。

代表性成果

论文

以下依次列出同行评审及已接收工作,以及部分公开预印本。

用于可微致病变异发现的 MUGO 框架
KDD 2026

MUGO: Differentiable Combinatorial Optimization for Causal Variant Discovery in the Non-coding Genome

Dongbo Sun, Junhao Liu, Pengcheng Xu, Yaqi Hu, Martin Jinye Zhang, Jing Zhang

将致病变异发现重新表述为高效的可微搜索,并在多种分子模态与组织上进行评测。

ICML 2026

A Very Big Video Reasoning Suite

Maijunxian Wang, …, Pengcheng Xu, Hokin Deng

一个面向长时程视频推理的程序化生成基准套件。我参与了公开任务生成器及数据集与评测基础设施的开发。

Team XSZ 从文章章节选择与检索到监督摘要与强化学习优化的流程
ACL 2025 BioNLP Workshop · BioLaySumm 共享任务 · 口头报告

Team XSZ at BioLaySumm2025: Section-Wise Summarization, Retrieval-Augmented LLM, and Reinforcement Learning Fine-Tuning for Lay Summaries

Pengcheng Xu, Sicheng Shen, Jieli Zhou, Hongyi Xin

一个具备章节感知能力的流程,将检索增强生成与强化学习相结合,以生成易读且忠实的生物医学摘要。

预览:论文图 1(CC BY 4.0)。

比较距离度量与归一化选择的单细胞可视化
ACM BCB 2024 · SIGBio 最佳论文奖

L2 Normalization and Geodesic Distance for Enhanced Information Preservation in Visualizing High-dimensional Single-cell Sequencing Data

Ziqi Rong, Jinpu Cai, Jiahao Qiu, Pengcheng Xu, Lana Garmire, Qiuyu Lian, Hongyi Xin

研究归一化与测地结构如何提升高维生物数据可视化中的信息保真度。

方法预览改编自图 1–2;背景取自图 5。

交互式方法笔记 为什么归一化会改变几何结构 沿 x → z → θ → w → p → 嵌入逐步追踪;κ 会直观地重塑示例邻域。
肺细胞数据集上的距离分离度与 k 近邻准确率
肺细胞数据集上的距离分离度与 k 近邻准确率(图 6)。上方交互图为解释性重构,并非论文报告的实验。
REINVENT-Transformer 分子设计流程
KDD AIDSH 2024 · 口头报告

REINVENT-Transformer: Molecular de-novo design through Transformer-based Reinforcement Learning

Pengcheng Xu, Tianfan Fu, Wenhao Gao, Jimeng Sun

将 Transformer 策略与基于预言机反馈的强化学习相结合,用于目标导向的分子生成。

生物医学通俗摘要评测结果
ACL BioNLP 2024

Adapting Large Language Models for Biomedical Lay Summarization

Jieli Zhou*, Cheng Ye*, Pengcheng Xu, Hongyi Xin

使大语言模型适应易于公众理解的生物医学传播,重点提升可读性与事实质量。

论文交互

直观体验两项已发表方法

探索两篇代表性论文背后的优化机制与已报告消融实验。示例数值与论文发表的测量结果会明确区分。

已发表方法 MUGO · 可微变异选择 探索温度参数与直通估计优化。
已发表方法 用于生物医学通俗摘要的多目标强化学习 探索公开的奖励设计与验证消融。

实践

经历

研究岗位、工程系统与教学经历。

2026 年 7 月—至今

大语言模型研究科学家实习生 · Pandita AI / diagram.ai

开发用于数学与科学图示生成的语义验证方法与强化学习后训练技术。

2024 年 8 月—2025 年 7 月

研究科学家实习生 · 晶泰科技(XtalPi)

开发并评测抗体结合亲和力模型,工作涵盖防数据泄漏划分、平衡目标函数、编码器集成与可复现评测。

2023 年 5 月—8 月

软件工程师实习生 · 亚马逊云科技(Amazon Web Services)

为 VMware Cloud on AWS 构建 React/TypeScript 费率卡工作流及 Java/AWS 后端集成,并开发数据验证与异常检测工具。

2022 年 5 月—8 月

多模态认知计算算法实习生 · 上海人工智能实验室

研究结合零样本深度估计的多模态目标检测与多模态神经架构搜索。

2021 年 11 月—2022 年 6 月

深度学习软件工程师实习生 · 英特尔公司(Intel Corporation)

为 Intel Neural Compressor 贡献模型压缩、量化功能与文档;研究推理服务器架构,并参与实现 C++ 推理工具。

2020 年 12 月—2021 年 4 月

算法实习生 · 数坤科技

使用 Horovod、OpenMPI/NCCL 与 NVIDIA Clara 搭建多节点多 GPU 的 3D U-Net 训练系统,并为医学影像工作负载增加分布式训练后端支持。

教学

曾担任 UCI ICS 6B(布尔逻辑与离散结构)、UCI ICS 6D(离散数学)及上海交通大学密西根学院 VE370(计算机组成)课程助教。

技术工具箱

Python、C/C++、TypeScript/JavaScript、Java、SQL、Shell、CUDA、MATLAB、Verilog 与 R · PyTorch、TensorFlow、Keras、scikit-learn、Pandas、Horovod、FSDP、vLLM、Ray 与 SLURM · 分布式训练、评测与基准设计。

部分荣誉

  • ACM BCB 2024 · ACM SIGBio 最佳论文奖 · 2024
  • 上海交通大学优秀毕业生 · 2022
  • 微软“创新杯”全球学生科技大赛中国区三等奖 · 2021
  • 美国大学生数学建模竞赛一等奖(Meritorious Winner) · 2020 PDF
  • CCVR“冀东杯”产品创意组二等奖 · 2020
  • 本科生优秀奖学金 · 2018–2019、2020–2021

论文之外

交互作品

为学习、讲解与玩乐而发布的作品。

04

开发者工具

File → Prompt

一个隐私优先的浏览器工具:构建文件树,按文件夹、依赖关系或名称排列项目文件,再将其转化为一条结构化提示词。所有数据均留在本地。

打开工具
05

对话实验

PengchengGPT

一个面向研究履历的个人网站助手,具备最新的 UCI 与简历背景、离线个人资料命令,以及免费模型优先、访客密钥显式回退的路由机制。

亲手发布的小世界

itch.io 上的四款浏览器游戏

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更生活的一面

研究之外

音乐、写作,以及我名字背后的故事。

徐鹏程

一个关于万里征程的名字

“鹏程”中的是中国神话里的巨鸟,代表旅程。父母以此寄寓“鹏程万里”的期望:志存高远,行路辽阔。我的英文姓氏发音近似“Hsu”。

音乐与分享

我喜欢唱歌、弹吉他,也偶尔录制技术分享。离开屏幕后,我喜欢健身、篮球、网球、乒乓球、游泳、阅读与科幻,也乐于借任何机会探究事物如何运作。理查德·费曼与李政道一直给我以启发。

前往哔哩哔哩观看
早期吉他视频与技术分享
视频

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在哔哩哔哩观看
原网站保留的个人随笔

一个小趣事:我的 MBTI 结果曾在 INTJ 与 ENTJ 之间变化。更重要的是,我希望自己的工作能够带来积极影响,并超越它诞生的当下而长久留存。

有的时候会惧怕死亡,每个人终有一死,无一例外,如何让自己对于死亡的恐惧少一些呢?于我而言就是为社会作出尽可能多的正向贡献。这样即使死去了,这些工作依然会留在人间,为社会上每个人的生活带来点滴的进步。就是这么一点一滴的工作才汇成了时代进步的滚滚洪流。这些工作会代替我们留在人间。于是每能做出一些好的工作我就会对于死亡的恐惧少一点。因为我的存在或许能让世界变好那么一点点。好像我的存在就能超脱于我的肉体而存在更久了。希望这些工作能表达我对于人类的爱,做出的这些工作就像是把对人类每一个人的爱,写成一首情诗,嵌入在了社会大厦的一个小小砖石中。虽然路还很远自己目前做的工作根本不算什么。但我希望有一天我即使面对死亡也能安心地说:我已经把对世界上每一个人的爱,写在了我的工作里,即使死亡也不能带走我已经有的幸福了,此生无憾矣。

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